Ayuda, por favor

La verdad es que no lo he probado, pero la primera impresión es que si, al hacer un pdf desde un archivo postscript es muy probable que distiller lo interprete con todos los datos.
La mejor forma de evitar eso es abrir ese eps en photoshop, por ejemplo, guardarlo como jpg y y cuando ya no tenga información de capas y demás, crear el pdf.
Si no tienes opción de usar photoshop exporta directamente desde freehand a jpg.

Freehand tiene la posibilidad de utilizar plugins busca uno que te permita exportar el trabajo directamente como pdf, o mejor aun instala el adobe acrobat y copia tu trabajo a este y guardalo como pdf, por que de lo contrario tantos movimientos de extensión te traerá problemas de calidad.. :D