Illustrator

Bueno mira para que una imagen que contiene una tinta directa de photoshop, nesitas que esa tinta este elaborada en un canal aparte del cmyk que maneja photoshop, y deberás salvarlo como dcs 2.0 y solo así te respetara elpantone que le hayas asignado.

Tienes la posibilidad de colocarlas como .psd o como .eps (no como photoshop eps si no como photoshop DCS 2.0), yo prefiero como .psd pues el canal de tinta plana queda separado de la cuatricomía cuando lo exportas a Illustrator.
Para colocarlo como Photoshop DCS 2.0 tienes que seleccionar el archivo y una vez seleccionado antes de darle al botón colocar veras que aparecen activos tres botones pequeños (enlazar, plantilla y reemplazar) tienes que activar enlazar.
Espero que te sirva.
Un saludo
PD: siempre hablo de Illustrator CS, con otras versiones no te puedo asegurar que funcione.

Si quieres tener un color especial en una fotografía debes hacer la selección del color en photoshop y guardarla como un canal aparte, para hacerlo en illustrator debes seleccionarlo desde la ventana de colores pantone que está en el menú de ventana y especificarle al personal de preprensa que ese es un colo especial.

Primero, lo siento mucho si tardé en responder, y bueno, espero que te sirva de algo.
Para simular la mezcla de colores PANTONE en illustrator solamente debes seguir los sgtes pasos:
1. Selecciona los colores que quieres mezclar y agrupalos (ctrl+G)
2. Ve a Effect-> Pathfinder-> Hard Mix o Soft Mix
Hard Mix es una opción q escoge el porcentaje mayor del color oscuro
Soft Mix escoge el porcentaje mayor del color claro.
Estando ahi ya puedes escoger el tipo de mezcla q necesitas. Sin embargo, para sacar el procentaje de color de la mezcla tienes q hacerle un Expand a la selección y se tiene elregistro CMYK de la mezcla.
Ahora, el trapping es una maniobra que se realiza cuando se va a mandar a imprenta un trabajo en el que se tenga contrastes fuertes de colores (color claro sobre color oscuro y viceversa) con el trapping se evita que aparezca una "sombra" o borde blanco al lado del objeto de arriba. Lo que se conoce como trapping es darle una demasía, por ejemplo al color de arriba con un stroke (bordeado)
En este link encontrarás mayor información acerca de esto:
http://www.adandesign.com/AdanE/trapping.html

¿La imagen de photoshop tiene 6 canales? O esos 2 canales a mayores los das en illustrator.

Creo que lo que debes hacer es intentar abrirlo en photoshop, ya que con los colores es muy bueno.
Los pantones deberías pasarlos a cuatricomía para que cualquier programa te los pueda reconocer, y así no tener problemas en imprenta.
Lo de substituir una imagen por otra, del modo que dices, yo se hacerlo en freehand que es el programa que domino. Pero creo que se hará de manera parecida, debes buscar en las barras de herramienta algo como "vinculos" para poder cambiar una por otra.
Espero haberte ayudado, y si no, que pueda ayudarte en la próxima
Suerte!

Mezclar pantones como tu mencionas no es posible en ilustrado y creo que ningún programa que maneje pantones porque son un standard de color para tintas al intentar mezclarlos dejarían de ser pantones (únicos)y pasarían a ser un color a cuatro tintas para ilustrado ya que no esta diseñado para hacer lo que tu mencionas, ¿los reventados? Creo que deberías de ser más preciso en lo que desear hacer ya que tiene mil usos y no se que quieras hacer