Edges & Vertex

Lo que me comentas es a veces normal cuando modelamos, debido al propio proceso de modelado nos puede ocurrir.
Antes de nada te comentaré algo sobre visualización y selección de polígonos, que posiblemente sepas pero que es importante.
En cuanto a visualización, es muy útil el modo xray. Se activa pulsando un iconito que es un cubo gris transparente en un fondo negro, y que está en el menú de iconos justo encima de nuestro visor, en la zona derecha del menú. Esto nos hace transparente el objeto y podemos seleccionar los componentes más fácilmente sin seleccionar otros. Imagina que quieres seleccionar dos vértices que están juntos pero no queremos seleccionar nada que haya detrás, pues con este modo se hace fácilmente.
Luego en cuanto a selecciones, sólo asegurarme de que sabes que con un click seleccionas sólo una cosa, y arrastrando un cuadro con el puntero, sobre el componente, seleccionas todo lo que haya dentro de dicho cuadro. Es decir, imagina que tenemos dos vértices uno encima de otro, y parece que sólo hay uno. Bien, si hacemos click sobre él, sólo seleccionaremos uno de ellos. Pero si arrastramos un pequeño marquito sobre ellos se seleccionarán ambos (puedes ver cuántos tienes seleccionados en el visor que te comenté en el otro mensaje : poly count, por esto a mí me resulta tan útil).
Bien, ahora a tu pregunta. Lo primero que debes probar es si el edge que está aún iluminado (o más grueso) en mitad del modelo, aun estando formado por vértices únicos en sus extremos, se compone de un solo edge, o hay dos edges (a veces pasa y no nos damos cuenta). Con el zoom es muy difícil de ver ya que si están justo justo uno encima del otro sólo parecerá que hay uno.
¿Qué hacemos entonces? Haz un marquito sobre el edge con cuidado de no seleccionar nada por detrás y mira en poly count si pone 1 edge o 2. Si pone 2, intenta fusionarlos con merge (también sirve para edges) hasta que deje de iluminarse.
Si pone 1, a veces pasa, que no hay forma de cerrar ese edge, lo más rápido y fácil es borrar una de las caras junto a ese edge (selecciona la cara en modo 'face' y pulsa 'supr'. Ahora tienes un hueco (formado por 4 edges, los cuales estará iluminados ya que son un 'border edge', simplemente selecciona los 4 edges que componen dicho hueco y pulsa Mesh > Fill hole, lo cual rellenará nuestro hueco y los edges que estaban iluminados deben desaparecer. También puedes rellenar el hueco con la herramienta Edit Mesh > Append to polygon tool, que es muy útil para muchas cosas (vas pulsando en los edges y se te va creando un polígono).
Espero que te sirva para poder arreglar tu modelo y si no lo consigues dímelo, junto con algún detalle más de lo que has intentado y veremos qué podemos hacer... :)
Por cierto me alegro mucho de que te sirva mi ayuda, se perfectamente que al principio un software 3d puede resultar un mundo y cualquier ayuda es poca, pero créeme que esa fase no dura mucho si practicas con constancia y pronto te desenvuelves muy bien en el programa... no es que llegues nunca a conocerlo todo perfecto y a saber hacer todo, ya que hay muchísimo en maya además de modelado, y normalmente la gente se especializa en algo concreto, pero sí que adquirirás una fluidez que te permitirá trabajar sin mucho problema y con normalidad... mientras tanto cuenta conmigo para lo que pueda ayudarte.