Has de saber que las capas puedes crearlas con posiciones fijas o relativas.
En tu caso quizas estas capas sean las que te estan dando otro efecto..
Porque no abres el navegador y sin estar maximizado le cambias el tamaño para ver que le ocurren a tus capas...
Prueba a poner las capas con valores fijos, y tamaños con porcentajes a ver si tienes suerte
<div style="postion:absolute;top:10px;left:50px;height:20%;widht:30%">contenido</div>
Suerte...
