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MySql y SQL Server son dos manejadores de datos distintos, es como decir windows con linux, ambos son sistemas operativos pero de formas distintas, en el caso de MySql esta mas cercano a ambientes linux aunq tambien corre en windows, cosa muy distinta a SQL Server, q solo funciona en windows, por el tema de la administracion es muy distinta en cuato a interfase, mientras SQL Server es mediante el management studio, en MySql lo puedes ver por entorno web.
Bueno esas son algunas diferencias generales, por el lado de funcionalidad ambos hacen lo mismo, almacenar informacion relacional.
Saludos.
Brownsea
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