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Hola:
Básicamente la mejor protección es "escapar" las cadenas que uses como querys. Este proceso detecta caracteres especiales (como por ejemplo ";"), los "señala" y evita que sean interpretados en medio de la ejecución de un SQL. Así, si un query encuentra un ; (punto y coma) no lo interpretará como fin de instrucción y comienzo de una nueva, sino como el caracter ;.
En esta página encontrarás un ejemplo:
http://www.metatitan.com/php/16/protecting-your-phpmysql-queries-from-sql-injection.html
Espero haberte ayudado.
Saludos.
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