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MySQL es una gran herramienta para la creacion y modelado de bases de datos, sin embargo presenta algunas desmejoras cuando se tratan de realizar proyectos grandes, esto puede ser debido a la integridad de los datos que debe manejar la BD y a la sintaxis o forma de modelar que usa el programador o creador de la Base de Datos. Yo te recomiendo verifiques los campos, tablas, y consultas de tu BD, y corrige algun fallo, porque como dices, cuando te pasas de 2000 registros se desborda, esto me parece raro porque he trabajado con muchos mas registros sin problema alguno, ahora bien cómo está el pc en donde estás trabajando?, memoria RAM, DD, Board, Controladores, versiones de los programas que utilizas, (especialmente Windows, PHP y MySQL), puertos; revisa todas y cada una de estas variables porque es posible que de ahi venga tu problema.
Has intentado modificar el php.ini y ponerele mas memoria???
Saludos.
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