Obtener tiempo de ejecución de una consulta

Hola como te va,
Te comento:
Si ejecutas la consulta desde la consola del Mysql te informa cuanto tiempo demoro la consulta.
Si estas corriendo el cliente de My sql desde un entonrno de Windows, podrías utilizar el Mysql Control Center para identificar los tiempos de cada consulta.
Si estas necesitando, te podría confirmar si el navicat también tiene esa funcionalidad, pero estoy casi seguro que si la tiene.
Si lo que estas necesitando evaluar es la performance de ciertas consultas, también te recomendaría que estudiaras un poco la sintaxis del comando explain que te da una buena idea de performance de consultas.

Cualquier otra información que estes necesitando conocer no dudes en consultarme,
Leandro

En el caso concreto de php, me parece que te puede llegar a interesar el caso del método mysql_info (http://ar2.php.net/mysql_info). Te informa toda la informaciòn de la ùltima consulta ejecutada.
Tene en cuenta que utilizar este tipo de métodos, son no performantes para la aplicacion, por lo que te recomendaría ue lo uses solamente en los casos que sospechas que las consultas que se estan realizando, son poco performantes,
Cualquier otra consulta, no dudes en volverme a preguntar,
Leandro