Seguridad

La solución a tu pregunta es compleja ya que como sabes la aplicación que has desarrollado en Access no necesita realmente ningún tipo de instalación (basta con copiar el fichero MDB o MDE y ya está). Los consejos que te puedo dar por mi experiencia son los que te paso a comentar a continuación:
1. Te recomiendo que la base de datos que pases a tu cliente sea MDE y no MDB, así para empezar podrás ocultar el código de tu aplicación.
2. Si lo que quieres es que sólo tu puedas 'instalar' la aplicación, te recomiendo que al abrir la aplicación compruebes si existe en un directorio de Windows/System un fichero creado por ti con una extensión que de algo de miedo por ejemplo 'dbsystem.sys' (que puede ser tranquilamente un fichero de texto, pero al tener la extensión cambiada no lo enlazará Windows al NOTEPAD). Además, al estar el fichero en ese directorio dará aún más miedo tocar nada. Si el fichero no existe no le permites acceder. El fichero lo podrías crear de dos formas: manualmente tú, o si al entrar compruebas que el fichero no existe pides una clave de instalación y al dársela correctamente cree el fichero que te he comentado una vez exista ese fichero no pides más la clave de instalación.
Bueno, no se si me he sabido explicar bien, pero espero haberte podido ayudar.