Ayuda con la implementación de sistema para llevar el control de asistencia mensual de un personal

No necesaria mente necesitas generar 1 por día ya que a diferencia de excel en access tu puedes hacer ese control vertical y asociar horizontal que es lo que realizas en excel
si tu generas una bd tu tabla debe de tener,
nombre o id empleado, fecha, hora entrada, hora salida, quinena o mes
en tus condiciones a saber el id es tu llave si tienes el horario, en que debe entrar salir, haces una operación cuenta() al valor que requieras, cuando tenga más del valor que tu quieres puede cobrar fin de semana, checa si te es factible de este modo,
en caso contrario genera la tabla como la tienes en excel y trabajala como la estabas trabajando en excel.