manchas en los ojos

Hola.
Necesitaría saber más. ¿Que tipo de manchas? ¿en qué zona?
Lo más normal que se suele ver como manchas amarillas sería pinguécula, que es un engrosamiento de la conjuntiva en las zonas temporal y nasal (más en la nasal), generalmente debido a la exposición excesiva a los rayos ultravioletas y/o polvo o partículas. Si es el caso, no tiene mayor complicación que el aspecto estético. En caso de molestias, puede utilizarse una ágrima artificial. Una foto de pinguécula: http://www.consultoriomedico.info/images/articulos/pterig27.jpg
Si es una coloración generalizada por la esclerótica, es decir, la parte blanca del ojo está amarilla, puede deberse a ictericia, que normalmente es debida a mal funcionamiento del hígado. Más información en: http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/spanish/ency/article/003243.htm
Si los médicos no le dan importancia, supongo que no tiene sentido preocuparse por ello.
Saludos.

Ajá. Con esto creo que me aclaro un poco.
Se trata de manchas que ves al mirar, no en manchas físicas en tus ojos.
Es lo que se denominan "moscas volantes". Se trata de proteínas o células de desecho en suspensión en el interior del ojo. Normalmente se notan cuando miras luces muy intensas, y suelen notarse como moscas que se mueven con la mirada, como si flotaran. No tienen ninguna importancia, y a veces son producidas por un golpe o movimiento brusco, que hacen que dejen de estar en reposo en el "fondo" del ojo y se muevan libremente por el interior. Suelen "posarse" despues de un tiempo, a veces meses, o a veces nunca.
Espero haberte ayudado.

El especialista en este caso sería el oftalmólogo.

Saludos.