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supongamos que la lista de 1000 nombres esta en la columna A y comienza en la celda A1 y la lista con 3000 nombres esta en la columna D y comienza en la celda D1, ahora en la celda E2 copia esta formula:
+BUSCARV(D1,$A$1:$A$1000,1,0)
luego copias esa formula a toda la columna E hasta la fila 3000 (para que coincida con la columna D en tamaño de datos).
Despues aplica un autofiltro a las columas D y E y filtra la columna E con Personalizar y eliges "no es igual a" y en la casilla siguiente pones "#N/A", con eso mostrara solo las filas que son coincidentes entre ambas columnas, asi podras eliminarlas
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