¿Qué debo hacer para dar de alta como autónoma a mi mujer para que sea legal mi venta online?

Si su actividad no tiene local de pública concurrencia solamente requiere que realize dos pasos muy simples
1. Dar de alta en Agencia Tributaria (Hacienda) con el modelo 036
2. Tramitar la Alta en la Seguridad Social el Régimen Especial de Trabajadores Autónomos, para hacer este trámite le pedirán el modelo 036 presentado en el anterior punto, el coste mensual del Autónomo está sobre unos 260,00?/mes.
Con el modelo 036 Ud. comunica a hacienda que actividad va a tener y que impuestos tiene que presentar, respecto de los impuestos y si no he entendido mal Ud. vende al por menor con lo cual está al Régimen de Recargo de equivalencia, suena a una cosa muy técnica pero para resumir esto significa que no tiene que presentar modelos de IVA trimestral, cosa que le facilita mucho más la gestión le recomiendo que mire la Guía para Autónomos que estoy preparando en mi web:
http://www.fiscalhelp.es/guia_autonomo.asp
Una vez sabemos que no tiene que presentar declaraciones de IVA, pasamos al otro impuesto que tiene que declarar a partir de ahora, el IRPF, UD. en el momento en que se da de alta de Autónomo está argumentando que va a tener una actividad económica con lo cual tendrá que presentar su Declaración de la Renta declarando los beneficios y pérdidas que va a tener en esta actividad pero esto lo declara durante los meses de mayo y junio del año siguiente. Atención eso no significa que deba relajarse y pensar que todavía tiene tiempo, NO ... el hecho de tener una actividad representa que UD. tenga que persentar el modelo 130 de pagos a cuenta del IRPF de manera trimestral y que suponen un 20% del beneficio que Ud. obtiene con la actividad, esto es un poco denso pero si mira la guía que le he adjuntado con el enlace puede verlo más claro.
Resumiendo darse de alta en Hacienda, darse de alta en la Serguridad Social como Autónomo, presentar trimestralmente el modelo 130 y hacer la declaración de la renta al año siguiente.

Hola muchas gracias por su respuesta, esta mañana llame ha hacienda y me dijeron que tenia que mi epígrafe era 653.2 y que no tenia que presentar declaración de iva, pero tenia que comprar con facturas de un recargo del 4%, osea darme de alta como autónomo (en este caso mi mujer que no trabaja). Pero ya no se si tengo que hacer facturas porque es venta por ebay y nunca las mando, ¿tengo qué hacer facturas de todo lo que venda? Y luego hacerlo por módulos trimestrales.

En principio si el cliente no las pide no le haría falta emitirlas pero si que está obligado a llevar un Registro de ingresos y gastos según lo estipulado en el Reglamento del IRPF, en hacienda venden libros para ir registrando manualmente los gastos y los ingresos o en mi web tengo una plantilla de excel de Registro de Ingresos y Gastos que con solo ir "contabilizando" estos registros ya le rellena un borrador para que pueda hacer Ud. mismo su declaración del 130 del IRPF, que supongo que en hacienda ya le comentaron que el 130 si que tendría que hacerlo igual que la Declaración de la Renta; en el siguiente enlace puede ver como funciona dicha plantilla:
http://www.fiscalhelp.es/GAutonomo/contabilizar_ventas_IVA.asp
Si le convence puede adquirirla aquí:
http://www.fiscalhelp.es/pack_autonomo.asp
Si primero prefiere probar con el libro de Registros solo tiene que acercarse a una delegación de Hacienda y donde venden los impresos pida un Libro de Registros de Ingresos y gastos.