Autónomo y al mismo tiempo Administrador Unico

Disculpa antes de nada si consideras larga la pregunta o si no me explico correctamente.
Mi suegro, del 95 al 2005, estuvo al mismo tiempo en dos empresas de un mismo Grupo (Panadería). En una estaba como autonomo y cotizo como tal. Como era poca cantidad de cotización, el empresario le dijo que le ponía como trabajador por cuenta ajena en otra de las empresas del mismo Grupo (y asi, cotizaba como regimen general y como autonomo al mismo tiempo). Lo que no le dijo es que no podía hacerlo en realidad desde las dos porque a mi suegro le habia puesto como administrador unico de esta segunda empresa en le que estaba como cuenta ajena. Al parecer no se puede cotizar como cuenta ajena y al mismo tiempo ser administrador.
Ahora, tras verificar las cotizaciones para el calculo de la pension de jubilación, nos damos cuenta que es que directamente no han cotizado por él a la Seg Social por el periodo que estuvo por cuenta ajena en esa empresa del grupo. Osea que le han engañado.
En tu opinion, tenemos alguna base para denunciarle?
Mil gracias
P.D: Una ultima pregunta. Una persona podría estar como administrador unico de una empresa y no cotizar por él ni como autonomo?

Muchas gracias por la claridad. Me da o nos da fuerzas para avanzar con este tema. Solo una aclaración: cuando dices que tenían obligación de cotizar bien como autonomo o por regimen general, te refieres a su figura como administrador unico no? Porque ya cotizaba como autonomo desde otra empresa del Grupo, en ese mismo periodo.
Es por eso, que como era poca cotización, el empresario le pone como empleado de otra empresa (y así cotizar a seguridad social) y al mismo tiempo como administrador unico de esa empresa (y esto es lo que al parecer invalida la cotización al regimen general por esa figura de empleado). Disculpa si no me explico bien.
Nuestra intención, creo que no nos queda otra, es demostrar que nunca fue administrador unico, aunque firmara (engañado, claro). Y para ello, me hace falta saber si hay algo que solo el adminsitrador tenga que firmar necesariamente (y no otro, como apoderado, etc.). Comos seguro que no ha firmado nada, eso demostrara que era una figura de "trapo", porque el que firmaba era otro.
Como lo ves? Defendible? Utópico?
Mil gracias
 

Me hubiera gustado que me señalaras algo mas concreto en algun pregunta pero en líneas generales muy bien. Me ha dado luz para ponernos manos a la obra.