Asalariado y Autonomo al mismo tiempo

Hola, mi situació es la siguiente:
Estoy asalariado en una empresa, pero voy a empezar una actividad por mi cuenta en la que haré trabajos para otra empresa.
El problema es que voy a tener que emitir facturas a la otra empresa para poder cobrar.
Supongo que me tengo que dar de alta de autonomos, pagar los autonomos mensuales para poder emitir facturas.
Mi pregunta es que tengo dudas como va a repercutir en mi declaración de la renta todas estas actividades.
Para despues en la renta no me toque pagar una barbaridad deberia pagar el IRPF en cada factura no?
Que porcentaes tendré que pagar de IRPF por una factura al mes de 800? .
Si ahora pago un 12% de IRPF en mis nóminas mensuales, esto influye en el IRPF que tendré que aplicar en mis facturas de Autonomo.
Gracias de antemano.

Es una actividad informática, colaboraré en proyectos informáticos con una empresa y mas o menos les facturaré unos 500? al mes, yo diría que serà en estimación directa.
Gracias por tu atención 

Esta retencion en factura la debe ingresar en hacienda la empresa. cuando tu hagas la renta estas retenciones son a favor tuyo y el funcionamiento es igual que las retenciones de las nominas.
un saludo