Pregunta

No se puede generalizar pero el método más "justo" en mi opinión es el de la estimación directa porque pagas en función de tu rendimiento contable. Pagas trimestralmente el 20% de tus beneficios.
Los módulos son más subjetivos. Hay gente que se inclina por este método muchas veces porque así saben qué pagarán de antemano pero en el caso de la estimación directa no pagas si no tienes beneficios lo cual es muy posible sobre todo al principio.

Dependiendo del negocio y de los beneficios que generes en el negocio. Hay determinados niveles de facturación a los que no les está permitida la estimación objetiva ya que está directamente relacionada también con la modalidad escogida en la tributación por IVA.
Debiera saber más datos, sector, facturación, modalidad de IVA, beneficios, declaraciones anteriores en que modalidad y resultado de las mismas.