Compra de casa y usufructo

A ver si por favor alguien me puede resolver esta duda.
Estoy en proceso de comprarme un piso. El vendedor actual es un señor que cuando adquirió el piso en cuestión en el año 2001, lo hizo al 50% junto con sus padres: Es decir, él compró en 2001 el pleno dominio del 50% del piso, y sus padre, el otro 50%.
Unos años más tarde (en 2006), el vendedor actual compró la nuda propiedad de la parte que tenían los padres, pasando a ser el propietario del 100% de la vivienda.
Sin embargo, cuando he ido a pedir la nota simple, me aparece de la siguiente manera:
Titulares: El Sr. POR (vendedor actual) del 50% del pleno dominio según escritura del 2001; El Sr. POR (sigue siendo el vendedor actual) del 50% de la nuda propiedad de la parte que le compró a sus padres años despues; y por último, el Sr. Y y la Sra. Z (padres del vendedor) del usufructo del 50% por titulo de compraventa con carácter ganancial (en la actualidad creo que el Sr. Y ya está viudo).
En la escritura de compraventa del año 2006 no aparece nada de usufructo, sino que los señores Y - Z le vende al señor POR su parte y listo. Quiero entender que la diferencia está entre el pleno dominio y la nuda propiedad, pero me gustaría que alguien me lo confirmara. Y si es así, si ello supone algún problema en el futuro.
Además, quiero saber si cuando realice la escritura de compraventa con el actual vendedor, se entiende que este usufructo finaliza puesto que el bien cambia de dueño o si debo incluir una cláusula a este respecto y si es así, debe venir también a firmar el Sr. Y como usufructuario. No quisiera que en los próximos años, si tengo que pedir una nota simple, aparezca yo como propietaria con pleno dominio del piso y me aparezca también el Sr. POR, que nada tiene que ver conmigo, con derecho de usufructo
¿Podéis ayudarme al respecto?