Por una IT¿Quién me tiene que pagar la paga doble?

Hola, te cuento para ponerte en situación, estoy de baja desde el 30 de Septiembre del 2009 por: IQ:RECURETAJE+INJERTO CORTIOESPONJOSO ESTRUCTURAL+HOMOINJERTO ESPONJOSA+TORNILLO MALEOLAR, que se ha vuelto a reproducir después de 14 años, para que nos entendamos es un tumor de células gigantes. (Osea que con una sola célula se puede volver a reproducir) un tumor muy agresivo que se come el hueso por dentro.
Me operaron el 4 de Noviembre del 2009 y desde entonces sigo de baja por los dolores en la rodilla al final consigo que me hagan una resonancia magnética y me dicen que tengo una rotura cuerno posterior menisco interno y condropatía rotuliana y femorotibial y que me tienen que hacer una artroscopia para ver como esta la rodilla y valorar para ver si me quitan el menisco o por estar tan mal la rodilla por causa de los dos tumores, si acaban poniéndome una prótesis, pero el medico que me opero del tumor me a escrito una carta que la artroscopia si que me dejan que lo hagan, pero que asta 2 años no poeden hacer una operación abierta, porque se podría volver a reproducirse el tumor.
En Septiembre pase el tribunal medico y entregue todos los informes y me han dado 6 meses más de prologa para ver que determinan los médicos.
Hasta hora, la empresa me ha ido pagando todo ya que nuestro convenio de mayoristas de alimentación dice que por accidente o por operación cobramos el 100%. ( Según el art. Noveno del convenio Mayoristas de Alimentación)
En junio tuve una reunión con el jefe y por motivos de la crisis y que la enfermedad se estaba alargando más de la cuenta, que el dinero en negro que me pagaba dejaría ya de percibirlo. NORMAL.
Así que el tribunal medico dijo que a partir de octubre la empresa dejaría de pagarme y pasaría a cobrar de la mutua, pero la mutua me comunico que ellos me pagarían el 75% cosa que es lo normal, pero como yo tenia como convenio el 100% que la empresa me pagaría la diferencia hasta llegar al sueldo que ganaba y que las pagas dobles también les correspondería a la empresa, asta que pasara a cobrar de la SS. Mi pregunta es la siguiente:
¿Es verdad que la empresa esta obligada a pagarme la diferencia del sueldo. De lo que percibo ahora unos 1030,60? ¿El mes de Octubre en vez de 1057,56? Que pagaba la empresa. ¿Y qué también la empresa me a tiene que pagar ellos la paga doble?
¿Decirte qué yo cobro una cantidad por día que me corresponde por salario enbruto 1452,60? Y que eso es correcto y de ahí descuentan lo que va ala seguridad social. Estas son las cuentas según C.C.O.O..
Base Reguladora Diaria al 75% ; ¿36,32? Según INSS
1452,60 : 30 = 48,42 ? / por dia
75% = 36,32 ? / dia
Esto es correcto pero lo de las vacaciones y la diferencia de sueldo no lo sabían,
espero pronto una respuesta, un saludo y gracias