Duda sobre baja tras pasar tribunal médico

Hace un año exactamente tuve un accidente no laboral por el que estoy aún de baja. Dio la casualidad de que se me acababa el contrato unos días después y no me iban a renovar. Como la empresa tenia contratadas las contingencias comunes con la Mutua, desde entonces son ellos los que me pagan la prestación (Llevándoles los partes que me expedía cada semana mi médico de cabecera pues es el y la sanidad pública la que me tiene que expedir la baja y alta). Hasta ahí todo bien. Hoy he ido a mi médico de cabecera para decirle que me había llegado ya la citación para pasar el tribunal y así que me puedan dar los 6 meses de prórroga puesto que me operarán otra vez. El caso es que me ha dicho que a partir del año mi baja pasa a estar controlada por el INSS y me ha dado un parte que pone eso, alta porque paso al INSS que tengo que llevar a la Mutua junto con fotocopia de la citación del tribunal. Sigo de baja pero ella ya no me hace más partes de confirmación para llevarles yo a la Mutua. Y me pregunto yo, ¿Es la Mutua quien me sigue pagando no? Puesto que el INSS tiene que hacer lo mismo que mi médico y transmitírselo a la Mutua. Si ya no llevo partes de baja semanales como me hacían, ¿Qué hago si no me paga la Mutua?.
No sé como se va a seguir mi baja como se hacía hasta ahora, con partes expedidos semanalmente por mi médico.