Indemnización por despido

En principio no tienes derecho. Lo que tienes que ver es si tu situación real es la de falso autónomo. Hay que analizar cuál es la naturaleza de tu actividad y de tus relaciones con ellos. La relación laboral tiene estas características: voluntariedad, a cambio de pago en metálico (sea fijo, por unidad de tiempo o como sea), dependencia y ajenidad. La voluntariedad está clara. El pago lo puedes probar con lo que tengas de lo siguiente: contrato mercantil, facturas que les emites, pagos que te hacen por banco. La dependencia la prueba el sometimiento a un horario (aunque no es necesario), trabajar con los medios y material de la empresa, órdenes o mensajes que tengas de la empresa. La ajenidad quiere decir que tu seas ajeno a la buena o mala marcha de la empresa. Es decir, que tu cobrarías igual tus facturas independientemente de si las ventas de lo que hacías iban bien o mal. Es decir, que tienes una cierta parte de dinero en "fijo", aunque puedes tener otra en variable. También es muy importante que sólo le emitas facturas a tu empresa, aunque si también les estás emitiendo a otros no es impedimento total.
Como "autónomo" no tienes derecho a nada. Ni vacaciones, ni bajas, ni permisos. Como autónomo dependiente tienes unos pequeños derechos. Pero como empleado por cuenta ajena tienes todos los derechos. No merece la pena demandar para que te reconozcan el autónomo dependiente. Puestos a demandar hazlo para que te reconozcan la relación laboral por cuenta ajena, porque si lo ganas conseguirás que te devuelvan tus cuotas de autónomo, que paguen tu afiliación a la SS de los últimos 4 años y que se te hagan un contrato laboral con antigüedad desde que empezaste. Por supuesto si quieren podrán despedirte luego, pero podrías conseguir despido nulo al producirse después de una demanda. En el peor de los casos sería un despido improcedente a pagar con indemnización de 45 días por año de antigüedad. En la misma demanda puedes meterle que te paguen en relación al convenio aplicable y las vacaciones y pagas extras que te deban de los últimos 12 meses. El proceso es demandarlo judicialmente y te aconsejo que te lo lleve el servicio jurídico de un sindicato.