Selectividad

Cuentan como dos notas separada, como si hicieras dos selectividades.
Realizarás un examen más y es como si hubieras hecho dos vías.
De esa forma tendras; en cada via:

Una primera parte donde te examinas de las materias comunes (Lengua y literatura, Inglés, Historia/filosofía)
Estas notas cuentan todas igual de forma que se suman las tres y se obtiene una calificacion media que llamaremos C1

En la segunda parte, es donde se diferencian las especialidades. Te examinas de dos asignaturas obligatorias, que definen la vía y una más optativa.
De forma que cada una de las obligatorias de la via cuentan un 40% y la optativa un 20%
De forma que obtenemos una nota C2

En tu caso definirias dos vias es decir en una vía tendrias Matemáticas y fisica como obligatorias con quimica o Biología de optativas, y en la otra vía tendrías Matemáticas y Biología como obligatorias de la vía con Fisica o Quimica de optativas.
De esta forma tu obtienes dos calificaciones en la segunda parte (dos notas C2) La nota final será la suma de la primera y de la segunda parte, de forma que una de las notas de las dos vias te beneficiará más que la otra.
Aún así tienes que informarte de que cuales son las asignaturas en tu instituto optativas y saber cuales son las vías que defines pues no recuerdo muy bien si son tal cual las he definido yo con Matem-fisica por un lado y Matem-Biologia por otro.

Espero que te sirva para aclararte.