Cambio de porcentajes de escritura de vivienda

Partiendo de que estoy casada con separación de bienes, te cuento. Antes de comprar la casa, un amigo de mi marido nos aconsejó ponerla al 50% en la escritura y luego hacer un documento interno entre nosotros donde pusiera las cantidades reales que hemos aportado cada uno. El caso es que mirando por Internet, parece que ese documento no tendría valor legal ante la palabra de un notario. ¿Qué puedo hacer para cambiar esto? Porque me gustaría dejar todo bien atado, pero no se cómo.