Obras de reforma en una gasolinera

Hola llevo la contabilidad de una gasolinera la cual es comisionista, es decir, la gasolinera es de Repsol y el dueño se lleva la comisión a la vez que vende al por menor alimentación. Bien, pues ha tenido que hacer obras en la gasolinera porque le obligan hacer dichas obra, la cual le ha costado unas 49.000 € aprox más iva, dentro de esta reforma existen cosas que son honorarios de servicios profesionales y otras que son reforma en si (es decir grupo 2). En definitiva está reforma se la paga el 100 %, Repsol, y le hemos emitido una factura a Repsol por el mismo importe, concepto aportación. Cómo tendría que contabilizarlo estas facturas de iva soportado?, los apuntes que sean de inversión en el grupo 2 y las que sean de gasto en el 6, imagino. Pero la factura emitida por nosotros a Repsol como aportación, cómo la contabilizo?, Pero claro si contabilizo los apuntes que sean de inmovilizado (facturas soportadas), luego en años posteriores los tendré que amortizar, y este año también, pero no entiendo cómo lo puedo hacer, porque si luego nos lo paga Repsol... Necesito saberlo, porque pasado mañana tengo que pagar el iva y no sé cómo hacerlo.

Gracias anticipadas.