Contabilidad autónomos

Un familiar va a montar un comercio y para ello será autónomo en régimen de estimación objetiva.
Se que en este régimen no es necesario llevar contabilidad, pero aun así me gustaría llevarla para un mejor control interno.
Lo que no tengo claro es como contabilizar los ingresos por ventas, ya que no se si lo he de hacer como facturas con iva a directamente un asiento de bancos a ingreso.
Otra duda es como contabilizar el iva soportado, ya que si introduzco las facturas del método convencional, no se como podre anular la cuenta HP acreedor o deudor por IVA, si no tengo que hacer declaraciones trimestrales de IVA.
Los problemas al contabilizar el IVA me vienen porque se supone que si al pagar autónomos yo no he de declarar IVA, el IVA soportado o el repercutido no lo tendré que pagar y esa cuenta nunca llegaría a saldarse.
Muchas gracias