Autofacturas e IVA para compra al por menor de basuras

Pretendemos crear una empresa dedicada a la compra de alimentos caducados y estropeados y basuras orgánicas, para producir abonos y fertilizantes. Nuestra idea es comprar dichos materiales a pequeñas tiendas de alimentación, restaurantes y particulares. Estos proveedores no quieren hacer factura debido a que son pequeños importes y muchos de ellos no han hecho una factura en su vida, pero a nosotros nos supondrá gran cantidad de dinero saliendo de la empresa en estas compras. Siguen siendo válidas las autofacturas o hay alguna otra forma de recuperar el IVA de estas compras? Muchas gracias!