Saldar cuentas contables

En la mayoría de los casos deben haber otras cuentas descuadradas. Por ejemplo, si hay una fianza que no se va a recuperar, probablemente es porque se aplicó en su momento. Es decir, se compensaría con alguna deuda, que aparecerá como pendiente.
En este caso intentaría primero averiguar a que corresponde, lo que la originó, y ver si esa deuda está saldada o no.
Lo mismo con el resto de cuentas. Averiguar todo lo que se pueda y ajustar las cuenetas.
En el caso de las cuentas que tienen que ver con Hacienda, sería conveniente pedir un certificado de estar al corriente. Si se deben, lo que hay que hacer es pagarlas, porque el hecho de que Hacienda no las reclame no quiere decir que no se deban, y eso está generando intereses de demora, que a Hacienda le vendrá muy bien.
Si no se debe entonces es porque en su momento se pagaron (o cobraron) y se contabilizó mal. Intentar localizar el movimiento, ver cómo se hizo y aplicar una reclasificación de saldos.
En los casos de cuentas de personal, si es cierto que está pedinete pero no se van a recuperar, hacer un ajuste reclasificando estos saldos contra el patrimonio neto.
Primero investigar el origen de los saldos y por qué están ahí, si son ciertos o no.
Segundo hacer las correcciones que correspondan.
Tercero, cuando no haya forma de solucionarlo hacer una reclasificación de saldos contra el patrimonio neto de la empresa, pero esto solo después de haber intentado arreglar el desaguisado, porque habrá que informar en la memoria de las cuentas anuales.
Estas cosas son complicadas y si alguna vez hay inspección traerán problemas. Recomiendo hacer un esfuerzo por aclarar esos saldos y como última instancia aplicar contra el patrimonio neto.