Recargo equivalencia

Buenos días, mi problema es que uno de mis clientes no me comunico que estaba en régimen de equivalencia y en la factura que le hice solo le aplique el 16%, son facturas del trimestre pasado, de noviembre de 2009. Necesito cambiar estas facturas pero no se muy bien que es lo que debo hacer, ¿factura rectificativa? Por favor ayudame, gracias