Contabilizar factura

Hola, mi pregunta es la siguiente:
He tenido una revisión del IVA del 2008 y me han sacado una factura porque no cumplía los requisitos establecidos por hacienda. El problema es que ahora me queda muchísimo menos IVA a compensar y tengo que volver a hacer todos los trimestres del 2009 según explicación recibida en hacienda. He conseguido que mi proveedor me haga una factura rectificativa de la que me sacaron y otra bien hecha. Me surge la duda de como debo contabilizar la rectificativa ¿por el importe total sin desglosar el IVA?