Facturas pendientes de recibir que no se reciben

Tendrás que hacer una anulación del registro de iva, poniendo al debe lo que pusiste en el haber y viceversa o repetir el asiento pero esta vez en negativo.

De hecho, no contabilicé el iva ni el gasto, sólo contabilicé el pago de la factura contra la cuenta de facturas pendientes de recibir, con lo cual no puedo hacer un asiento en negativo, porque no me cuadraría el banco. ¿No se puede hacer de otra manera?

Haber si lo he entendido bien. Pagaste por banco algo de lo que luego no te hicieron factura o lo que vulgarmente se conoce como "te lo vendieron en B". Haz un asiento que sea 572 o 570 (debe) contra 4109 (haber) e ingresa el dinero en el banco o en caja y pon en concepto "devolución importe por no realizarse la compra"

Se trata de una asociación exenta de IVA por lo no se puede soportar el IVA de las facturas recibidas

Vale, entonces contabiliza el gasto. Deberían de haberte dado un papelito como justificante del pago. No obstante puedes hacerlo tu. Contabilízalo como si fuera una factura, el iva ponlo exento y el acreedor llevalo contra una cuenta de gasto.
600.0 (debe) a 410.0 (haber)
No olvides puntuar la respuesta y finalizar la pregunta.

¿No habrá ningún problema por contabilizar en la cuenta de gasto un gasto que se ha producido en un año anterior?

Tenemos hasta 5 años para contabilizar gastos anteriores