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No importa el hecho de estar acogido al régimen especial de autónomos para poder cobrar nómina. El sueldo que se establezca iría a la cuenta 640 y el recibo de autónomos a la 642, sin mayores problemas. En cuanto a lo que me cuentas de retirar una cantidad mensual con cargo a la cuenta 550 o 553 y regularizarla con cargo a la distribución de beneficios, tampoco está mal hecho, pero son 2 cuestiones distintas, incluso se podrían hacer las dos cosas a la vez. Lo que tienes que tener en cuenta es que ambas tienen una incidencia fiscal distinta para la empresa y para el socio único: el salario sería rendimiento de trabajo para el socio, pero a la vez sería un gasto deducible en el impuesto de sociedades, mientras que los dividendos no son gasto en el impuesto de sociedades. A si vez el tipo de IRPF del salario es progresivo, con lo cual un salario bajo estaría sujeto a un tipo de IRPF más bajo que los dividendos, pero si éste es elevado el tipo de IRPF del salario sería mayor que el de los dividendos.
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