Respiración y deporte

Soy una mujer de 39 años, tres hijos y que tengo un trabajo de responsabilidad, con un alto grado de estrés (a lo que añadir que soy muy nerviosa), hace unos meses, tras una fuerte contractura muscular, las cuales me dan con frecuencia, aunque nunca tan dolorosa como esta última, me hicieron pruebas y me han diagnosticado 2 protusiones (una casi hernia) en las cervicales, ante esto, y siguiendo indicaciones de mi fisio, una vez recuperada (he tardado 2 meses) estoy intentando volver a hacer deporte para fortalecer la espalda y, como no, para recuperar un poco la forma física (tras los partos tengo un poco de barriguita y 3 o 4 Kgs de más) y mental.
Durante toda mi vida he hecho deporte, pero de forma un poco irregular, ya que me falta tiempo y sobre todo constancia. En fin, a lo que voy, ahora llevo un par de meses tratando de combinar bicicleta elíptica, con salir a correr y un poco de natación, esto último es lo que más me cuesta y a veces me resulta molesto en los hombros. Todo el deporte lo hago en casa, no voy a ningún gimnasio.
Con la elíptica me va bien, hago unos 30 minutos en los que voy subiendo la intensidad y al final aflojo, hago abdominales y estiro. La natación ya te he comentado que me canso muy pronto y me duele el cuello, con lo que hago muy poco. Y cuando salgo a correr, que es lo que más me gusta, ando unos minutos y corro durante 20 minutos, luego vuelvo a andar, hago abdominales y estiro. El problema lo estoy teniendo las ultimas veces que he salido en las que, cuando llevo unos 7-10 minutos me entra flato y no se me quita hasta que paro, al principio, yo seguía corriendo y en unos minutos se me pasaba, pero ahora no es así, y el dolor es tan intenso que empiezo a poner malas posturas para contrarrestarlo y finalmente paro sin completar mi rutina. Yo tengo 2 teorías sobre esto: la primera es que me estoy esforzando más de lo que mi cuerpo puede y esa es su respuesta, o bien, la segunda y más probable, no sé llevar bien la respiración, no se si inspirar y espirar por la nariz y boca respectivamente, no sé si alargar la respiración al máximo en 3 o 4 ritmos, o por el contrario acortarla...
En fin, esa es mi principal duda, te he contado lo demás por si eres tan amable de darme tu opinión sobre el deporte que hago, si lo ves adecuado para mi situación, mi idea es esa, hacer 3 o 4 días alternando elíptica con correr, ya que no tengo más tiempo ni fuerzas.