Dolor muscular en soleos, tibial y gemelos

Parece que esa parte no ha recuperado lo suficiente... lo más probable es "tendinitis" en la zona de la tibia lo que tarda bastante en pasar, posible que haya sucedido por todo un poco, zapatillas poco adecuadas y aumento de peso también además de correr por terreno duro (asfalto) lo que esa combinación hace es lo más parecido a lo que describes, no obstante podría haber más causas. Mi consejo es parar toda actividad relacionada con la carrera unos 2 meses, ¿comprar zapatillas nuevas (+ de 100?) Normales y hacer trabajo de gimnasio fundamentalmente abdom, lumnb, pesas tren-superior... NO cinta, bici etc dejar esas piernas por el momento, luego deberías empezar haciendo carrera continua (trote suave) por blando, campo, parques etc evitando el asfalto lo más posible. Deberás hacerlo poco a poco 12´caminar 5´y otros 12´... también 15´c. Cont caminar 5´y 8´c.c. Así 2-3 días semana, después de la primera semana si todo ba ok aumentas a 4 días y 5´más de carrera c. (17´+5´+17´) y ( 20´y 14´) y si sigue todo ok en esas dos tres semanas creo que ya estará todo como debiera. Lo más importante es no tocar asfalto y no molestarlo nada de nada, esa zona es más delicada de lo que se piensa pudiendo acabar en "crónico" o en el término usado médicamente "itis" que es lo mismo, y si eso sucede te quedará esa parte "tocada" para siempre.

Yo no te podría decir "tienes esto o tienes lo otro", lo mejor es ir a un médico que diagnostique esa posible o no periostitis, y qué grado tiene ya que si ésta es avanzada puede terminar en fractura del tibial. Lo mismo para la posible distensión si existe.
Una vez hecho eso, hay tiendas de deportes en las que te hacen estudios del pie y te recomiendan la mejor zapatilla para ese pie, sin plantillas adaptadas o si quieres con las plantillas creo que también (esto ultimo no te lo puedo confirmar), por ejemplo en Bikila en Madrid. De todas formas si las plantillas que tienes las hicieron en un sitio especializado en cosas deportivas y sabiendo que eres corredor, en teoría deberían estar preparadas para ello, pero no esta de más comprobarlo.
El peso es importante, 12 kg de diferencia es mucho, y el avance en el entrenamiento debe ser más progresivo (más lento) para evitar sobrecargas y complicaciones, a medida que entrenes en teoría ese peso ira volviendo a su estado de corredor. El fortalecimiento de las piernas vendrá con ese entrenamiento progresivo.

La verdad es que yo en este caso no puedo ayudarte ya que solo soy entrenador no fisioterapeuta pero eso mismo preguntalo en la zona de medicina y te lo contestaran sin problema creo lo siento colega :( ;)