formatear discos

Hola! mi PC tiene instalados dos discos duros. En uno de ellos tengo el sistema operativo (windows me) y demás software. El otro es eclavo del primero y sólo lo utilizo para almacenar archivos de audio y video.
¿Cómo puedo formatear los discos para volver a instalar el Windows Me y que mi ordenador continue funcionando de la misma manera?

Hola maestromanu:
verás, tengo problemas de software y no descarto que tenga también algún virus. Mi idea era formatear la unidad c, y volver a instalar el sistema operativo y todos los programas que habitualmente utilizo.
¿cómo debo formatear el disco y cómo he de configurar el ordenador, para que el otro disco (unidad d), continue siendo esclavo del primero y pueda seguir utilizándolo como almacén?
GRACIAS