¿Com programo una ofuscación o codificación?

Antes que nada. Veras soy un desarrollador web novato menos de
1 año de experiencia, mi problema es que en mi trabajo actual me han
pedido realizar unas aplicaciones pero quieren que para proteger la
autoría intelectual de la empresa mis páginas web que contienen
programación PHP, clases, javascript etc. Sean ofuscadas o
encriptadas, ya leí y logre crearme un pequeño script en PHP que me
logra codificar con base64 el muy simple y funciona para páginas con
html común y con php embebido simple, pero al momento de trabajar con
páginas con script PHP con llamadas a funciones dentro de clases
externas o con simples comparaciones donde aparezca el carácter ">"
Mi decodificador lo hace bien pero el compilador php da por hecho que ahí
termino mi script, espero no haber enredado mucho el asunto, sin más ahí
dejo el problema mi petición resumida es si conoces un método
programado en php que resuelva mi problema NO REQUIERO UNA APLICACIÓN O
SOFTWARE SI NO UN MÉTODO QUE YO MISMO PUEDA EMPLEAR EN BASE A CÓDIGO.