Fondo piscina color marrón

Soy experta de otra categoría y me he animado a preguntar aquí.
Recientemente me he mudado a una casa con piscina, pero nunca había tenido ninguna antes. El dueño de la casa me ha informado por encima sobre cómo mantener la piscina, pero ahora que me estoy informando de todo, veo que las explicaciones que me ha dado son " a groso modo", es decir, sin saber los porqués.
Al grano, el problema que tengo es la suciedad del fondo. En varios días de lluvia que ha habido en Málaga tengo el fondo lleno de lo que parece tierra y bichos. Antes de ayer eché floculante, y ahora tengo una capa muy intensa de color marrón en el fondo, los bichos también y el resto del agua clara.
Quisiera que me explicaras qué tengo que hacer ahora. Supongo que me dirás que pase el barrefondo. El barrefondo lo conecto a la manguera y la manguera a la entrada del skimmer, pero no me llega hasta el otro extremo de la piscina. ¿Lo estoy haciendo mal o tengo que comprar más manguera?
Para pasar el barrefondo cierro fondo, cierro skimmer, abro barrefondo, cierro retorno de la piscina, la válvula en desagüe y abierto el desagüe de la bomba al exterior ¿no? Porque si lo pongo en filtración se van a quedar todos los bichos en el filtro ¿no?