Ruido rueda Seat León

Por lo que cuentas, el problema no debe venir de las ruedas, sino de alguna articulación de la caja de cambios. En primer lugar lo que yo haría es revisar todas esas piezas, con un poco de engrase podría desaparecer el ruido. ( Primera opción que ojalá fuera esa por la fácil solución y poca repuercusión que habría tenido sobre el coche.) También podría venir dicho ruido de alguna pieza mal apretada que golpease en algún lado en ciertos momentos como tu bien dices, que solo lo hace cuando reduces, que es cuando más vibra un motor. ( También de muy fácil solución una vez encontrado el culpable del ruido )
En tercer lugar, tendríamos que mirar si la culpa es del del cambio de marchas ( extraño por lo nuevo del coche, pero posible ) Y si efectivamente viene de la rueda con un cambio o revisión de pastillas debería solucionarse. De todas formas estando el coche en garantía insistir hasta que desaparezca y si no buscar otro concesionario cercano. Espero haber sido de ayuda, aunque sin oír el ruido es difícil confirmar de donde viene.